机动车违章扣分处理方式如下：

1. 首先去车管所、交警大队或通过交管12123查询一下有无违章，查询确定有违章后在车年审前到违章处理大厅处理或进行学法减分。12123也能办理违章扣分处理。

2. 处理时，持身份证，驾驶证，行驶证，到违章处理大厅办理。持处罚决定书到指定的银行交罚款。打单交完罚款后，把票据保留好。