该寺由云南高僧号称“八指头陀”的月溪法师于一九四九年创建，月溪法师以大毅力大智慧，虽七十高龄仍然亲自率众弟子不畏艰辛，开山凿石，担鐡运木，历时八载，亲手塑造佛像万馀尊，其中代表性的建筑物之一“万佛塔”被香港上海汇丰银行选为港币一佰圆之印刷图案。

一九九零年中国佛教协会会长赵朴初居士亲笔题写“万佛寺”和“知恩报恩”。