酿酒时小曲和大曲的主要区别体现在性质、生产过程、原料、口感和气味等方面。

性质：大曲是用来酿酒的一种原料，而小曲则是制造白酒的发酵剂。

生产过程：大曲的生产过程是在经过强烈蒸煮的白米中移入曲霉的分生孢子，然后保温，米粒上即茂盛地生长出菌丝，此即酒曲。而小曲的生产过程则是用米、高粱、大麦等为原料，并酌加几种中药，所含的微生物主要是根霉菌、毛霉菌和酵母菌。

原料：大曲酒主要是以大麦、小麦、豌豆为主料制成的大曲发酵而成的酒水，而小曲酒则是以高粱、稻谷、包谷为主料制成的小曲发酵而成的药酒。

口感和气味：大曲酒入口曲香馥郁，口味香醇，气味突出，喝后回甘，有浓郁的香味，且饮后口内持久留香。而小曲酒入口清凉香醇，酒味自然，香气轻柔，气味一般比较清雅好闻，不浓郁也不刺鼻。

总结来说，小曲和大曲在酿酒过程中各有其独特的作用和贡献，它们的不同主要体现在性质、生产过程、原料、口感和气味等方面。这些差异使得小曲酒和大曲酒各具特色，满足了不同消费者的口味需求。