分流是指学生因学习成绩不合格等原因未达到学校培养要求，转至临床医学（“5+3”一体化）或基础医学（本硕连读）专业。于维汉班转至临床医学（“5+3”一体化）专业，伍连德班转至基础医学（本硕连读）专业。

分流审核共分两个阶段：本科学习阶段和硕士研究生学习阶段；本科学习阶段每学年审核一次，硕士研究生学习阶段在学习结束时审核一次。