荣耀Magic6 Pro至臻版采用了华为自主研发的麒麟9000处理器，该处理器采用5nm工艺，CPU由1颗超大核心和3颗大核心，4颗小核心组成，运行频率高达3.13GHz，同时配合Mali-G78 GPU，支持LPDDR5内存和UFS 3.1闪存，性能十分强劲。同时，麒麟9000还内置了5G调制解调器，支持NSA/SA双模5G网络，性能和功耗表现都优秀，可以满足日常使用和高性能要求的需求。