新鲜辣椒扎孔的主要目的是为了让其内部的空气循环流通，延长其保鲜时间。当辣椒果实采摘后，外皮一旦破损就会直接暴露在空气中，导致容易变质腐烂。

而扎孔则可以在不破损外皮的情况下，让内部空气流通，减少果实内部的湿气和细菌滋生，从而保持辣椒的新鲜度和口感。

此外，扎孔还有助于让调味料更加渗透，增加食材的味道。因此，在烹饪中，扎孔也被广泛采用。