锦鲤眼睛上面的小疙瘩可能是眼睑肿胀或导致的眼球凸起所引起的，这可能是由不合适的水质，刺激性物质，感染或外伤等原因引起的。

根据具体情况，可以采取不同的治疗方法，如优化水质，调节饲料，使用抗生素或抗真菌药物等。此外，定期清洁水体，避免过度喂食以及注意减少锦鲤间的争斗，也可以预防类似问题的发生。如果症状严重，建议咨询养殖专家或宠物医生的建议。