做好的扣肉可以放在冰箱中冷藏，但需要注意的是，肉类在冰箱中冷藏的时间不宜过长，以免影响口感和营养价值。一般来说，做好的扣肉在冰箱中可以保存3-4天，食用前需要彻底加热。

如果你打算将扣肉保存更长时间，可以考虑将扣肉冷冻。冷冻后的扣肉可以保存数月，食用前需要解冻并彻底加热。

无论选择冷藏还是冷冻，都建议使用保鲜膜或保鲜盒将扣肉密封，以避免串味和细菌滋生。同时，冰箱应定期清洁和维护，以确保食物储存的安全和卫生。